在食品生产中，企业在产品质量方面遇到很多问题，是由微生物污染造成的产品质量不合格引起的。虽然多种杀菌、除菌方法在生产过程中都有应用，但怎样使之有机结合，在节省能源、减少环境污染的前提下，保证较大限度的杀死微生物，是食品杀菌中应注意的几个问题做了阐述。
以PH值确定杀菌温度和时间
根据食品PH值的不同，对各种食品采用的杀菌温度和时间也不相同，不同种类微生物都用其适合PH值，大多数细菌PH值在7.0左右，其耐热性强，食品PH值越小，可以生长的细菌种类越少，即使生长，其活力也较弱。同时，在同一PH值下，细菌耐热性也因缓冲液的种类及溶质种类的不同而发生较大的变化，例如在番茄汁中，对B.thermoaeidurans的芽孢进行加热时，其杀菌按醋酸、乳酸和柠檬酸的顺序依次降低。
杀菌条件的选定
对食品进行加热杀菌时，要先了解灭杀对微生物的耐热性，以其中抗热性强的细菌为基准推算出杀菌条件，再做接种试验来验证该条件是否合理，然后才能将所选定的杀菌条件应用到实际生产中去。首先应根据加工食品的特性来确定影响选定杀菌条件的指标菌，对PH>4.5的食品，首先考虑的灭菌对象应该是病原菌中具有产芽孢能力的肉毒杆菌。对于PH3.7~4.5的食品，其败坏是由耐酸性细菌、霉菌和酵母造成的，指标菌就应该要选择其中耐热性强的芽孢杆菌，即凝结芽孢杆菌和巴氏芽孢菌等。低PH值及低水分活度的食品，由于产芽孢菌不能发育，其败坏一般是由无芽孢耐酸细菌、霉菌和酵母所造成的，因此需测定这些菌的耐热性，确定灭杀的指标菌。然后根据指标菌确定杀菌的条件。
食品加热的传热问题
一般食品杀菌从外侧加热，包装容器越大，则加热至杀菌温度的时间越长。除了食品本身形状及大小外，其性质和粘度也影响到传热的进行。在杀菌过程中要考虑食品物料中的”冷点“。我们在温度计或者压力表上读到的杀菌温度只是蒸汽的温度，并非食品温度。所以应适当延长食品加热的时间，或在表温状况下保持一段时间，这一点在杀菌中应注意。
食品成分与杀菌
在食品杀菌过程中，有些因素可以不同程度保护微生物抗热。如水分活度、高质量浓缩糖液、淀粉及蛋白质等对孢子有保护性。
不同温度和时间组合
由于保持食品色泽、风味、质地和营业价值等方面的重要因素是时间而不是温度，因而在杀菌中为了杀微生物，又能较好的保持食品风味、色泽和质地，多采用高温瞬时杀菌。例如，目前在132℃/4s的条件下灭菌，获得了风味和维生素等质量保持较好的果汁。
包装前、后的杀菌选择
包装前杀菌，对食品质量损害小，但需要在无菌或近于无菌条件下包装，对一切卫生要求严格，稍不注意达不到理想程度，还有现代人大多以车代步，运动量大大减少，致使酸性代谢物长期滞留在体内，从而导致体液酸化。
在食品杀菌过程中，有些因素可以不同程度保护微生物抗热。如水分活度、高质量浓缩糖液、淀粉及蛋白质等对孢子有保护性。
不同温度和时间组合
由于保持食品色泽、风味、质地和营业价值等方面的重要因素是时间而不是温度，因而在杀菌中为了杀微生物，又能较好的保持食品风味、色泽和质地，多采用高温瞬时杀菌。例如，目前在132℃/4s的条件下灭菌，获得了风味和维生素等质量保持较好的果汁。
包装前、后的杀菌选择
包装前杀菌，对食品质量损害小，但需要在无菌或近于无菌条件下包装，对一切卫生要求严格，稍不注意达不到理想程度，还有现代人大多以车代步，运动量大大减少，致使酸性代谢物长期滞留在体内，从而导致体液酸化。
